Структурата на управление на ЦВП УНИТе има две нива:
- Стратегическо ниво, включващо Управителен съвет (УС) и Научен съвет (НС) – за координация между партньорите и взимане на стратегически решения.
- Оперативно ниво – свързано с ежедневната работа, включително научни работни пакети и допълнителни дейности.
Управителният съвет се състои от 6 члена – по един представител на всеки партньор. Той координира, наблюдава, контролира и взема решения, свързани със стратегията, планирането, ефективното и ефикасното изпълнение на задачите и дейностите на ЦВП УНИТе.
Научният съвет подпомага Управителния съвет като наблюдава научните дейности и определя научната стратегия. Той се състои от ръководители на научни работни пакети.
Сдружението ЦВП УНИТе подкрепя всички допълнителни дейности и научните екипи в изграждането на капацитет за валоризация на знания и научен мениджмънт.
